Services

Prestations

Prestations Bioinformatique

Analyse "omics" : transcriptomique (puce et RNA-seq), proteomique, lipidomique, interactomique...
Étude de génomique comparative
Analyse à façon
Création et analyse d'alignements multiples de séquences

Prestations Logiciel

Développement de logiciels, développement / maintenance de sites ou serveurs web
- Exemple : 'MiSynPat: An integrated knowledge base linking clinical, genetic, and structural data for disease-causing mutations in human mitochondrial aminoacyl-tRNA synthetases', PMID: 28608363
Déploiement d'applications sur des ressources de calculs intensifs et distribués
- Exemple : 'Blast' et 'Blast+' recherches dans des banques de séquences génomiques / protéomiques sur France Grilles PMID: 30380106
Aide à l'utilisation de nos outils "maison" et à l'intégration de vos données dans nos bases de données / outils
- Exemple : 'GxDb' : outil dédié à l'analyse et à l'exploitation des données transcriptomiques

Prestations Informatique

La plate-forme BiGEst-ICube dispose d’un accès privilégié pour ses utilisateurs :
- à EASEA (Easy Specification of Evolutionary Algorithms) : plateforme logicielle dédiée aux algorithmes évolutionnaires massivement parallèles (GPGPU) doi:10.1007/s00500-011-0718-z
- à la grille de production nationale de France Grilles (http://www.france-grilles.fr/)
- à la fédération de clouds académiques de France Grilles
- au cluster académique de l’Institut Français de Bioinformatique
- au mésocentre de l'Université de Strasbourg

L’accès à la grille de calcul a permis par exemple la construction de la plus grande base d’orthologie de gènes au monde, OrthoInspector: 722 génomes eucaryotes, 3863 bactéries et 179 archaea. Pour ce faire, 25 millions de comparaisons de génomes/protéomes ont été parallélisées et réalisées en 1 mois (équivalent à 74 ans de calcul).

Services en Ligne

Logiciels

BiGEst-ICube maintient l’ensemble des logiciels suivants :

OrthoInspector: analyse des relations d'orthologie/paralogie, étude de génomique comparative PMID: 30380106
PipeAlign: suite logicielle pour la création d'un alignement multiple de séquences PMID: 12824430
MACSIMS: annotation d'alignement multiple de séquences PMID: 16792820
ordalie: logiciel téléchargeable pour l'analyse et l'exploitation des alignements multiples de séquences
Probe: analyse évolutionnaire de famille de protéines basée sur leur alignement multiple de séquences PMID: 29741582
BLUR: analyse de la divergence inter-espèces basée sur les conservations différentielles des domaines/motifs protéiques PMID: 33211099
GxDB: traitement, analyse, visualisation de données transcriptomques

Banques de données

Miroir local de banques de données publiques (UniProt, PDB, banques BLAST, InterPro, GeneOntology, taxonomy ...)
OrthoInspector 3.0 : banque de données d'orthologie PMID: 30380106
MISTIC : banque de l'ensemble des mutations faux-sens humaines étiquetées délétères ou bénignes PMID: 32735577
IDMapping API : permet la référence croisée des identifiants dans plus de 100 différentes banques

La plupart de ces banques de données sont accessibles par des API dédiées