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* Étude de génomique comparative | * Étude de génomique comparative | ||
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** à la grille de production nationale de France Grilles (http://www.france-grilles.fr/) | ** à la grille de production nationale de France Grilles (http://www.france-grilles.fr/) | ||
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L’accès à la grille de calcul a permis par exemple la construction de la plus grande base d’orthologie de gènes au monde, OrthoInspector: 722 génomes eucaryotes, 3863 bactéries et 179 archaea. Pour ce faire, 25 millions de comparaisons de génomes/protéomes ont été parallélisées et réalisées en 1 mois (équivalent à 74 ans de calcul). | L’accès à la grille de calcul a permis par exemple la construction de la plus grande base d’orthologie de gènes au monde, OrthoInspector: 722 génomes eucaryotes, 3863 bactéries et 179 archaea. Pour ce faire, 25 millions de comparaisons de génomes/protéomes ont été parallélisées et réalisées en 1 mois (équivalent à 74 ans de calcul). | ||
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* [https://lbgi.fr/orthoinspectorv3/ OrthoInspector]: analyse des relations d'orthologie/paralogie, étude de génomique comparative [https://doi.org/10.1093/nar/gky1068 PMID: 30380106] | * [https://lbgi.fr/orthoinspectorv3/ OrthoInspector]: analyse des relations d'orthologie/paralogie, étude de génomique comparative [https://doi.org/10.1093/nar/gky1068 PMID: 30380106] | ||
| − | * [ | + | * [https://lbgi.fr/pipealign PipeAlign]: suite logicielle pour la création d'un alignement multiple de séquences [https://doi.org/10.1093/nar/gkg518 PMID: 12824430] |
| − | * [ | + | * [https://lbgi.fr/MACSIMS/ MACSIMS]: annotation d'alignement multiple de séquences [https://doi.org/10.1186/1471-2105-7-318 PMID: 16792820] |
| − | * [ | + | * [https://lbgi.fr/~moumou/ordali/www ordalie]: logiciel téléchargeable pour l'analyse et l'exploitation des alignements multiples de séquences |
| − | * [ | + | * [https://lbgi.fr/probe Probe]: analyse évolutionnaire de famille de protéines basée sur leur alignement multiple de séquences [https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty367 PMID: 29741582] |
| − | * [ | + | * [https://lbgi.fr/blur BLUR]: analyse de la divergence inter-espèces basée sur les conservations différentielles des domaines/motifs protéiques [https://doi.org/10.1093/gbe/evaa248 PMID: 33211099] |
| − | * [ | + | * [https://lbgi.fr/gx GxDB]: traitement, analyse, visualisation de données transcriptomques |
===Banques de données=== | ===Banques de données=== | ||
Version actuelle datée du 16 juin 2022 à 11:13
Prestations
Prestations Bioinformatique
- Analyse "omics" : transcriptomique (puce et RNA-seq), proteomique, lipidomique, interactomique...
- Étude de génomique comparative
- Analyse à façon
- Création et analyse d'alignements multiples de séquences
Prestations Logiciel
- Développement de logiciels, développement / maintenance de sites ou serveurs web
- Exemple : 'MiSynPat: An integrated knowledge base linking clinical, genetic, and structural data for disease-causing mutations in human mitochondrial aminoacyl-tRNA synthetases', PMID: 28608363
- Déploiement d'applications sur des ressources de calculs intensifs et distribués
- Exemple : 'Blast' et 'Blast+' recherches dans des banques de séquences génomiques / protéomiques sur France Grilles PMID: 30380106
- Aide à l'utilisation de nos outils "maison" et à l'intégration de vos données dans nos bases de données / outils
- Exemple : 'GxDb' : outil dédié à l'analyse et à l'exploitation des données transcriptomiques
Prestations Informatique
- La plate-forme BiGEst-ICube dispose d’un accès privilégié pour ses utilisateurs :
- à EASEA (Easy Specification of Evolutionary Algorithms) : plateforme logicielle dédiée aux algorithmes évolutionnaires massivement parallèles (GPGPU) doi:10.1007/s00500-011-0718-z
- à la grille de production nationale de France Grilles (http://www.france-grilles.fr/)
- à la fédération de clouds académiques de France Grilles
- au cluster académique de l’Institut Français de Bioinformatique
- au mésocentre de l'Université de Strasbourg
L’accès à la grille de calcul a permis par exemple la construction de la plus grande base d’orthologie de gènes au monde, OrthoInspector: 722 génomes eucaryotes, 3863 bactéries et 179 archaea. Pour ce faire, 25 millions de comparaisons de génomes/protéomes ont été parallélisées et réalisées en 1 mois (équivalent à 74 ans de calcul).
Services en Ligne
Logiciels
BiGEst-ICube maintient l’ensemble des logiciels suivants :
- OrthoInspector: analyse des relations d'orthologie/paralogie, étude de génomique comparative PMID: 30380106
- PipeAlign: suite logicielle pour la création d'un alignement multiple de séquences PMID: 12824430
- MACSIMS: annotation d'alignement multiple de séquences PMID: 16792820
- ordalie: logiciel téléchargeable pour l'analyse et l'exploitation des alignements multiples de séquences
- Probe: analyse évolutionnaire de famille de protéines basée sur leur alignement multiple de séquences PMID: 29741582
- BLUR: analyse de la divergence inter-espèces basée sur les conservations différentielles des domaines/motifs protéiques PMID: 33211099
- GxDB: traitement, analyse, visualisation de données transcriptomques
Banques de données
- Miroir local de banques de données publiques (UniProt, PDB, banques BLAST, InterPro, GeneOntology, taxonomy ...)
- OrthoInspector 3.0 : banque de données d'orthologie PMID: 30380106
- MISTIC : banque de l'ensemble des mutations faux-sens humaines étiquetées délétères ou bénignes PMID: 32735577
- IDMapping API : permet la référence croisée des identifiants dans plus de 100 différentes banques
La plupart de ces banques de données sont accessibles par des API dédiées